"Sát thủ: Đặc vụ 47" kể về câu chuyện của Agent 47, một sát thủ chuyên nghiệp được sinh ra và huấn luyện để trở thành một vũ khí hoàn hảo. Anh ta là một sản phẩm của một dự án khoa học bí mật, được gọi là "Agent Program", được thiết kế để tạo ra những sát thủ với khả năng siêu phàm.
Trong bộ phim, Agent 47 được giao nhiệm vụ bảo vệ một phụ nữ tên là Katya (do Hannah Ware thủ vai), người có mối liên hệ đặc biệt với một công ty bí mật đang phát triển một dự án tương tự "Agent Program". Khi Katya bị săn lùng bởi những thế lực ngầm, Agent 47 phải đối đầu với những kẻ truy đuổi trong khi bảo vệ cô khỏi những âm mưu chết người.
Câu chuyện chính xoay quanh cuộc chiến của Agent 47 để ngăn chặn những người muốn khai thác và điều khiển những "đặc vụ" giống như anh, đồng thời khám phá về quá khứ của chính mình và mối quan hệ phức tạp với Katya.