Sau sự kiện ở phần 1, Flint Lockwood và bạn bè rời khỏi hòn đảo Swallow Falls sau khi máy FLDSMDFR (cỗ máy tạo thức ăn) gây ra một cơn đại hồng thủy thực phẩm.
Tuy nhiên, khi Flint được mời đến làm việc cho công ty công nghệ lớn của thần tượng mình – Chester V, anh phát hiện ra rằng máy FLDSMDFR vẫn còn hoạt động và giờ đây đang tạo ra những sinh vật đột biến từ thức ăn – gọi là Foodimals.
Flint cùng nhóm bạn quay trở lại Swallow Falls để ngăn chặn cỗ máy trước khi những Foodimals chiếm lấy thế giới. Nhưng khi tiếp xúc với chúng, anh nhận ra không phải tất cả Foodimals đều nguy hiểm, và có người đang lợi dụng anh vì mục đích xấu.